<script type="text/javascript"><!--
window.onload = qrcode;
function qrcode() {
var applet_code = '<applet code="com.ubicast.applet.QrApplet.class" codebase="applet" archive="QRapplet.jar" width=90 height=90>'
applet_code += '<param name="url" value="http://www.nasuta.jp/user/login_form">'
applet_code += "\n"
applet_code += '</applet>'
document.getElementById("qrcode").innerHTML = applet_code;
}
//--></script>
appletが表示されているエリアを<div id="qrcode"></div>で囲み、appletタグを削除。
これをheadタグの中に埋め込んだらHTMLが表示された後にappletが起動されるようになった。
説明を読むより、top.htmlのソースを見た方が手っ取り早かったり。